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Chromatin and gene function : a primer
Author:
ISBN: 9789811258435 9811258937 9811258430 9789811258930 Year: 2023 Publisher: New Jersey: World scientific,

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Abstract

The purpose of this primer is to provide students, teachers as well as academic and industry researchers with a succinct account of the chemical and structural features of chromatin and the role that these features play in the maintenance and function of the genetic material. It is universally accepted that DNA is the carrier of the genetic information that is transmitted from parents to their offspring and that it is responsible for the anatomy, physiology and behavior of all individuals throughout development and adult life. Yet, how this information is retrieved and used selectively to allow a fertilized egg to become an organism made up of myriads of different cells and tissues is not as evident and easily understood. Dr Lucchesi, an internationally known researcher and teacher, provides an easily opened window into the role that the complex of proteins and nucleic acids that are associated with the DNA play in mediating gene expression and in responding to environmental circumstances.

Keywords

Chromatin --- Gene Expression

Cellular and molecular regulation of hemoglobin switching
Authors: ---
ISBN: 9780808911593 0808911597 Year: 1979 Publisher: New York, N.Y.: Grune & Stratton,

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Abstract


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Les RNA interférents vont-ils révolutionner la pharmacologie ?
Authors: --- ---
Year: 2014 Publisher: Bruxelles: UCL,

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Abstract

Since the discovery regarding interference phenomenon, 20 years ago, RNA interference became standard method to suppress a gene expression into in vitro tests. Nowadays, the point of interest lies in vivo studies. The RNAi could be used as strong tool in specific therapy going from viral infection to cancer, if only the RNAi would have a proper structure. The main obstacle to RNAi potential therapeutic action is due to a difficulty small interfering RNA (siRNA) at the level of its action in vivo. An effective delivery strategy of siRNA must consider some limitations: (i) poor stability, (ii) undesirable non-specific immune response, (iii) a distribution in non-targeted tissues. The development of such a strategy requires a careful understanding of all the mechanisms of action of RNAi, engineering developed to overcome barriers to the delivery of siRNA, the site of action, and finally a clinical trial. This analysis allows us to offer a perspective on the therapeutic use of siRNA in human.


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Histone genes : structure, organization, and regulation
Authors: --- ---
ISBN: 0471896152 9780471896159 Year: 1984 Publisher: New York (N.Y.) : Wiley,

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Abstract


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In situ hybridization : applications to neurobiology
Authors: --- ---
ISBN: 0195048598 9780195048599 Year: 1987 Publisher: New York, N.Y.: Oxford university press,

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Relation adipocyte-maladies cardiovasculaires, régulation de l'expression d'adiponectine, un nouveau peptide adipocytaire

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Abstract

Obesity plays a causative role in a cluster of metabolic abnormalities (Syndrome X) leading to an increased risk for cardiovascular disease. However, the molecular link between obesity and atherosclerosis is still poorly understood.
The concept that adipocytes are secretory cells has emerged only recently. Adipocytes synthesise and release a variety of peptides which may have regulatory properties. Leptin, a true adipose hormone controls whole-body energy homeostasis, and its deficiency causes morbid obesity (ob/ob mice).
Among the “adipopeptides”, we have studied a newly identified factor, adiponectin (ApM) (also called ACRP30 in rodents). ApN is specifically and abundantly expressed in adipocytes, then secreted in the bloodstream. This protein is thought to play a protective role against atherosclerosis. Plasma ApN levels are reduced in patients with cardiovascular disease or in obese subjects. Several endocrine glucocorticoids turn-over, stress and altered sympathetic tone, and hyperinsulinemia/ insulin resistance. In the present work, we investigated the hormonal regulation of ApN/ACRP30 gene expression in humans and mice. Studies were performed in vitro and in vivo.
In cultured explants of human adipose tissue, ApN gene expression was negatively regulated by glucocorticoids and cAMP and positively by insulin and IGF-I. In view of the endocrine abnormalities associated with syndrome X, this regulation could contribute to decreased plasma ApN levels in these subjects. Adipose tissue may also contribute to control its own production of ApN by releasing a factor that destabilizes the mRNA.
In cultured explants of mouse adipose tissue, we excluded the possibility that TFN-α, a cytokine known to be involved in the pathogenesis of syndrome X, was this destabilization factor. We also extended the effects of cAMP (the second messager of catecholamines) to β-adrenergic receptor agonists and found that these agents inhibited ACRP30 mRNA both in vitro and in vivo. Eventually, leptin treatment of obese (ob/ob) mice partially restored ACRP30 mRNA abundance, which is usually blunted in these animals, and doubled plasma ACRP30 levels. This effect of leptin may involve both pre- and post-translational mechanisms.
In conclusion, we have begun to unravel the hormonal regulation of ApN/ACRP30 production in human and mice. Our data suggest that endocrine abnormalities in obesity and/or syndrome X may lead to decrease expression of ApN/ARCP30 gene and subsequent low plasma levels of the protein, thereby promoting cardiovascular disease.
Abnormal post-translational mechanisms could also theoretically contribute to impaired ApN production. Further studies focusing on this potential level of regulation are needed, as well as detailed in vitro and vivo characterization of ApN/ACRP30 effects L’obésité est clairement associée à une augmentation du risqué de maladies cardiovasculaires, dans le contexte du syndrome plurimétabolique. Toutefois, la relation exacte entre obésité et l’athérosclérose reste entre mal comprise. J’ai essayé de l’appréhender par le biais de l’activité sécrétoire de l’adipocyte. La leptine, déficiente chez la souris génétiquement obèse et diabétique (ob/ob), est une véritable hormone sécrétée par l’adipocyte et responsable de l’homéostasie énergétique. Parmi les adipopeptides, l’adiponectine (ApN) a retenu notre attention. Ses taux plasmatiques sont diminués chez le sujet obèse ou atteint de maladies cardiovasculaires, et l’ApN semble jouer in vitro un rôle protecteur sur l’athérosclérose. Afin de comprendre la diminution, a priori assez inhabituelle, d’un facteur adipocytaire chez l’obèse, nous avons étudié la régulation hormonale du gène codant ce facteur chez l’homme et le souris. Les études ont été menées in vivo et in vitro.
Nous avons tout d’abord montré que l’expression du gène codant l’ApN était régulée négativement par les glucocorticoïdes et l’AMPc, et positivement par l’insuline et l’IGF-1 dans des cultures d’explants de tissu adipeux humain. Au vu des anomalies endocriniennes associées à l’obésité et au syndrome plurimétabolique, ce type de régulation pourrait contribuer à la baisse des taux circulants d’ApN chez ces patients. Nous avons également montré que le tissu adipeux pouvait autoréguler les taux d’ApN en libérant un facteur déstabilisant les ARNm traduisant cette protéine.
Chez la souris, nous avons récusé TNF-α, pourtant déjà impliqué dans la pathogénie du syndrome plurimétabolique, comme facteur déstabilisateur. Nous avons étayé les données sur l’AMPc, second messager des catécholamines et trouvé que les agonistes des récepteurs β-adrénergiques reproduisant l’inhibition du nucléotide sur l’expression du gène ACRP30 (pendant murin de l’ApN) in vitro et in vivo. Enfin, le traitement à la leptine de souris obèses (ob/ob), a entraîné une restauration partielle des taux d’ARNm ACRP30, habituellement effondrés chez les animaux, et un doublement des taux circulants de cette protéine. Dès lors, nous avons suggéré que la leptine exerçait cet effet par le biais de mécanismes pré et post-traductionnels.
En conclusion, nous avons commencé à élucider la régulation hormonale de l’ApN chez l’homme et la souris. Nos résultats suggèrent que les anomalies endocriniennes associées au syndrome plurimétabolique et/ou à l’obésité pourraient expliquer la diminution des taux circulants d’ApN qui y sont associés. La poursuite des études de régulation de la production de l’adiponectine et la caractérisation des effets de cette dernière, semblent s’inscrire dans la suite logique de ce travail


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Étude des conséquences de l'expression ectopique du facteur de transcription Vsxl dans la moelle épinière en développement chez les souris Tg[Nestine:Cre]/Rosa26 Vsxl/+
Authors: --- ---
Year: 2017 Publisher: Bruxelles: UCL. Faculté de pharmacie et des sciences biomédicales,

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Abstract

Au cours du développement de la moelle épinière, la mise en place des circuits neuronaux qui contrôlent la locomotion dépend de l'action de plusieurs morphogènes. Un gradient de Sanie Hedgehog (Shh) et de Bone morphagenic prateins (BMPs) contrôlent l'expression de gènes spécifiques menant à la subdivision de la moelle en différents domaines progéniteurs situés le long de l'axe dorso-ventral. Ces domaines vont donner naissance, en fonction des facteurs de transcription qu'ils expriment, à différentes populations neuronales. Dans la région ventrale de la moelle, il existe 4 domaines progéniteurs (pO à p3), générant différentes populations d'interneurones (INs), de VO à V3, et un domaine progéniteur (pMN) qui produit des motoneurones (MNs). Le domaine progéniteur p2 produit 5 populations d'INs, chacune caractérisée par des marqueurs et des fonctions spécifiques, les V2a et V2b, produits plus tôt que les V2c, V2d et les V2-Pax6. Des études menées dans le laboratoire d'accueil ont montré que le domaine p2 produit de manière précoce au cours du développement une population intermédiaire d'INs V2 encore non décrite jusqu'à présent. Ces cellules sont qualifiées comme étant « intermédiaires » car elles sont sorties du cycle cellulaire mais n'ont pas encore entamées leur différenciation. Ce compartiment intermédiaire est caractérisé par l'expression transitoire du répresseur transcriptionnel, Visual System Homeobox 1 (Vsx1) au cours du développement. Cependant, le rôle de Vsx1 dans la moelle épinière n'est pas encore connu. Des études en « perte de fonction » chez la souris, suggèrent que ce facteur n'est pas nécessaire à la différenciation des INs V2. Pour compléter ces études, mon projet de mémoire a pour objectif d'étudier les effets de l'expression ectopique de Vsx1 dans la moelle épinière en développement chez des souris transgéniques Tg[Nestin:Cre]/Rosa26vrrii+. Pour ce faire, nous avons tout d'abord validé le modèle en « gain de fonction » par qPCR, hybridations in situ et immunofluorescences. Nos observations montrent que le modèle est valide. En effet, l'ARNm et la protéine Vsxl sont détectés de manière ectopique chez le mutant mais à un niveau différent dans les progéniteurs et dans les cellules différenciées, suggérant un mécanisme de répression au cours de la différenciation neuronale. Ensuite, nous avons analysé par immunofluorescences les conséquences de l'expression ectopique de Vsxl dans les progéniteurs neuraux à e!0,5 et dans les neurones différenciés (INs V2, MNs, INs V3) à el2,5. Les résultats montrent que l’expression ectopique de Vsx1induit une augmentation significative du nombre d'INs V2a et de V2b avec en parallèle une diminution du nombre de MNs à el 2,5. Ces résultats suggèrent que Vsx1 pourrait avoir deux rôles, d'une part il pourrait stimuler la différenciation des INs V2. D'autre part, il pourrait inhiber la différenciation des MNs. Au vu des études récentes à propos du mécanisme de consolidation de l'identité INs versus MNs (Clovis et al.,2016), nos observations suggèrent que Vsx1agit de manière similaire à son paralogue Chxl O en se liant à l'élément de réponse à l'hexamère du gène codant pour Hb9, spécifique des MNs ce qui empêcherait les cellules de se différencier en MNs. L'hypothèse de travail proposée est que Vsx1 sécurise l'identité V2 dans les précurseurs neuraux en stimulant la différenciation en INs V2 et en inhibant le programme de différenciation en MNs dans ces cellules. During the development of the spinal cord, the establishment of the neuronal circuits that control locomotion depends on the action of many morphogens and transcription factors. A gradient of Sonic Hedgehog (Shh) and Bone morphogenic proteins (BMPs) signaling control the expression of patterning genes leading to the subdivision of the spinal cord into different progenitor domains orderly distributed along the dorso-ventral axis. These domains will give rise, depending on the combination of transcription factors they express, to different populations of neurons. In the ventral spinal cord, four progenitor domains (pO to p3) generate different populations of interneurons (INs) VO to V3, and one single progenitor domain (pMN) generates all the motor neurons (MNs). The progenitor domain p2 has been reported to generate five V2 interneuron subsets, each characterized by specific molecular markers and functional properties. The major V2 subsets correspond to the V2a and V2b INs which are generated earlier than the V2c, V2d and V2-Pax6. Studies carried out during in the host laboratory provided evidence that the p2 domain produces an early intermediate V2 compartment that was not described yet. These cells were qualified as "intermediate" because they have exited the cell cycle but have not yet initiated neuronal differentiation. This precursor compartment is characterized by the transient presence of the transcriptional repressor Visual System Homeobox 1 (Vsx1) during development. However, the role of Vsx1 in the spinal cord is not yet known. Loss-of-function analyses in the mouse show that Vsx1 is not necessary for the production of V2a and V2b INs. To complete these studies, my Master thesis aims at studying the consequences of overexpressing Vsx1in the developing spinal cord in a transgenic mouse line Tg[Nestin:Cre]/Rosa26v"JH.To do this, we firstly validated the "gain of function" model by qPCR, in situ hybridization and immunofluorescence labeling. Our observations indicate that the model is valid. Indeed mRNA and protein Vsx1are detected ectopically in the mutant spinal cord. However, the expression levels were variable in different populations, which suggest the existence of a possible repression mechanism in specific neuronal types. Then we analyzed by immunofluorescences the consequences of this gain of function in early-born neurons at el 0.5 and in the differentiating neurons (V2 INs, MNs, V3 INs) at e12.5. The results showed that overexpression of Vsx1 induces a significant increase in the number V2a and V2b INs at el2.5 paralleled with a decrease in the number of MNs. These results suggest that Vsx1 could have two roles. On the one hand, it could stimulate the differentiation of V2 INs. On the other hand he could inhibit the differentiation of the MNs. In the light of recent studies on the mechanism of consolidation of IN and MN identity (Clovis et al., 2016), our observations suggest that Vsx1 acts similarly to its paralog Chx1O by binding to a hexamer response element in the MN-specific Hb9, gene thereby preventing cells to differentiate in MNs. The working hypothesis we propose is that Vsx1 secure V2 identity in the early-born neurons that initiate V2 INs differentiation and inhibit the MNs differentiation program in these cells.


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Régulation hormonale de l'expression du gène PAI-1 et de sa sécrétion dans des cultures d'explants de tissu adipeux humain

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Abstract

Une élévation des taux plasmatiques de l’inhibiteur de l’activateur du plasminogène de type 1 (PAI-1) représente un facteur de risque de maladies cardiovasculaire. Les taux plasmatiques de PAI-1 sont augmentés chez les sujets obèse, particulièrement chez ceux qui présente une accumulation de graisse omentale. L’adipocyte peut lui-même contribuer à cette augmentation, car il synthétise du PAI-1. Le rôle des hormones sur la production de PAI-1 n’a pas encore été étudié dans les adipocytes humain d’origine omentale.
Dans ce travail, nous avons examiné la régulation hormonale de l’expression du gène et de la sécrétion de PAI-1 dans du tissu adipeux humain en culture. Nous nous sommes particulièrement concentrés sur les effets des glucocorticoïdes, de l’insuline, des catécholamines et de leur second messager (AMPc) dans des explants provenant de la région omentale.
La dexaméthasone a augmenté la sécrétion de PAI-1 par les explants au cours des 24 heures de culture. La stimulation par le glucocorticoïde était précédée d’un doublement des taux d’ARNm PAI-A entre 4h et 8H, un effet qui était spécifique car les ARNm de la glycéraldéhyde-3-phosphate déshydrogénase et du peroxisome proliferatior-activated receptor γ n’était pas affectés par l’hormone. L’efficacité de la dexaméthasone dépendait de la dose utilisée, avec un effet semi-maximal observé à des concentrations de l’hormone qui peuvent être considérées comme physiologiques. Cette stimulation était également observée dans les explants de tissu adipeux sous-cutané, mais la sécrétion de PAI-1, basale ou en réponse à la dexaméthasone était toujours plus importante au niveau omental. Contrairement à la dexaméthasone, l’insuline n’a pas modifié significativement la sécrétion de PAI-1 bien qu’elle accélérait la consommation de glucose par les explants. Par contre, l’AMPc a clairement inhibé l’expression du gène et la sécrétion du peptide dans les conditions basales et en présence de dexaméthasone. Cette inhibition était déjà détectée après 1h, son effet était maximal après 4h. L’inhibition était observée aussi bien au niveau du tissu adipeux omental que sous-cutané. L’adrénaline inhibait également le PAI-1, un effet reproduit à de plus faibles concentrations par l’isoprotérénol. Les modifications des taux d’ARNm PAI-1 induits par la dexaméthasone et l’AMPc étaient semblables dans les explants (tissu adipeux total) et les adipocytes isolés. Par contre, dans les cellules issues de la fraction stromale-vasculaire, seule la dexaméthasone exerçait son effet.
en conclusion, nous avons démontré l’existence d’une régulation « en miroir » du PAI-1 par d’une part, la dexaméthasone (effet stimulateur) et d’autre part, l’AMPc et les catécholamines (effet inhibiteur) dans le tissu adipeux humain en culture. Cette régulation se localise principalement au niveau pré-traductionnel. La stimulation par les glucocorticoïdes pourrait contribuer à augmenter la sécrétion de PAI-1 par le tissu adipeux et, de ce fait, les taux plasmatiques de PAI-1 chez des sujets présentant une obésité centrale. Elle expliquerait ainsi, en partie, le risque cardiovasculaire de ces patients. La moindre inhibition du PAI-1 par les catécholamines pourrait aussi l’expliquer, la réponse in vivo du tissu adipeux à ces hormones étant habituellement diminuée chez l’obèse


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Bayesian analysis of gene expression data
Authors: --- ---
ISBN: 9780470517666 0470517662 Year: 2009 Publisher: Chichester Wiley

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Abstract

Molecular mechanisms in the control of gene expression
Authors: --- ---
ISBN: 0125185502 9780125185509 Year: 1976 Volume: 5 Publisher: New York, NY : Academic Press,

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