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Molecular biology of DNA and RNA: : an analysis of research papers
Author:
ISBN: 0801640687 9780801640681 Year: 1971 Publisher: Saint Louis (Ill.): Mosby,

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Abstract

Keywords

DNA. --- RNA.

The Ribonucleic Acids
Authors: ---
ISBN: 0387061908 3540061908 3662005018 3662004992 9783540061908 Year: 1973 Publisher: Berlin : Springer-Verlag,

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Abstract


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Développement de nouveaux outils pour l'analyse de la biogenèse et la fonction des micro-ARNs
Authors: --- ---
Year: 2015 Publisher: Bruxelles: UCL. Faculté de pharmacie et des sciences biomédicales,

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Abstract

ln this work , we aimed to develop novel tools for the analysis of function and biogenesis of micrq-RNAs . Since we worked on two different methods, this work is divided in two parts.The aim of the first part was to develop a quick, reliable and cheap method to synthesize and purify precursor-microRNAs (premiR). Our method is based on in vitro transcription by T7 RNA polymerase. To overcome limitations of this technique, we added special RNA structures (ribozymes) capable of cleaving the transcript in an autocatalytic manner and leaving only the desired premiR sequence. To be able to extract the ribozymes, which could interfere with further processing of the premiR, we added a second RNA structure (aptamer) capable of binding to an affinity matrix. Eventually, we were able to synthesize and purify different premiRs that could be cleaved by the enzyme Dicer.The second part of this thesis focused on the inhibition of micro-RNA. There already are different methods to inhibit them but they all suffer serious limitations. That's why we attempted to improve the method of the so-called micro-RNA sponges. These are transcr ipt containing many binding sites for a miR. These transcripts act as compet itive inhibitors by trapping the micro-RNA. However, these sponges are far from efficient due to the destabilization caused by the binding of the micro-RNA. This destabilization is caused by the decapping and deadenylation of the transcript. We therefore proposed that, if we were able to produce circular sponges these would probably be more stable and hopefully more efficient. To explore this hypothesis, we first tried to find a model allowing us to generate circular miRNA sponges. Three different experimental were generated and assessed for their capacity to generate circular sponge transcripts. Furthermore, we tested whether the best of the experimental systems could be integrated into a lentiviral vector that would allow us to infect a variety of cells.Future work will have to demonstrate whether the generated circular sponges are more efficient inhibitors of miRNA function when compared to their linear counterparts . Au cours de ce mémoire, nous nous sommes intéressés au développement de nouveaux outils permettant l'analyse de la fonction et de la biogenèse des micro-ARNs . Dans cette optique, nous avons exploré deux méthodes différentes. Par conséquent , ce travail est scindé en deux parties.Le but de la première partie de ce mémoire était le développement d'une méthode de synthèse de micro-RNA précurseur (premiR). A insi, nous avons mis au point une méthode sur base de la transcription in vitro. Afin d'éviter certaines contraintes du point de vue de la séquence , nous avons flanqué le premiR d'une séquence ARN particulière (ribozyme) capable de cliver tout nucléotides supplémenta ire éventuels. Ensuite, afin d'être capable d'extraire ces séquences contaminantes, nous avons complémenté les ribozymes d'une seconde structure ARN (aptamères) capable de se lier avec une matrice d'affinité. Suite à la transcription in vitro et la purification du premiR, nous avons analysé le résultat par électrophorèse en gel de polyacrylamide dénaturant et « Northern Blot ». Nous avons pu démontrer l'efficacité de notre méthode à produire des premiR, les purifier ainsi que montrer l'utilité de ceux-ci comme outils pour étudier le clivage catalysé par Dicer.La seconde partie de ce mémoire se penche sur le développement d'une nouvelle méthode d'inhibition des miRs. En effet, malgré l'existence d'outils permettant leur inhibition, ceux-ci souffrent encore de nombreux désavantages . Nous avons donc tenté d'améliorer la méthode d'éponges à miR décr ite précédemment dans la littérature. Cependant, afin d'améliorer leur stabilité, nous avec tenté de produire des éponges circulaires. Pour cela nous avons complémenté notre construction de signaux d'épissage et de séquences répétitives nécessaires à la circularisation comme décrit dans la littérature. Après transfection de nos constructions plasmidiques, nous avons mesuré les niveaux d'ARN circulaires et linéaires à l'aide de PCR quantitative . Ensuite nous avons développé des vecteurs lentiviraux permettant l'intégration stable de ces constructions. De futures études devront démonter si le système ainsi développé présente des améliorations par rapport aux autres techniques.


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Quantification des ARNm de la survivine et de ses variants dans les cellules normales et tumorales. Etude de la méthylation du promoteur de la survivine
Authors: --- ---
Year: 2004 Publisher: Bruxelles: UCL,

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Abstract

Survivin is an anti-apoptotic protein that belongs to the IAPs (Inhibitor of Apoptosis Proteins) family and controls mitosis.
By alternative splicing, the survivin gene generates two variants : survivin 2B and survivin 3. According to the literature, surviving and its isoforms are strongly expressed during foetal development and also in tumor cells, but they are not expressed in healthy tissues except in thymus and placenta. It has been published that the surviving and its variants produce antigens recognized by cytolitic T lymphocytes that could be used in cancer immunotherapy.
The goal of this work was to measure by quantitative RT-PCR the level of expression of surviving and its variants in normal tissues, tumor lines and tumor clinical sample to evaluate the feasibility of an immunotherapy directed against antigens derived from surviving or its variants. Our results show a high level of expression of surviving and its isoforms in normal cells with a high mitotic index, a level of expression that is similar to that observed in tumor cells.
The second part of this work is an attempt to study the methylation of the promoter of the surviving gene. The methylation status of this promoter in healthy and tumor cells is debated in the literature. In order to clarify this point, we quantified transcripts of surviving and its isoforms in B and T lymphocytes before and after treatment with azadeoxycytidin, a demethylating agent. The results obtained did not allow us to conclude if the promoter was methylated or not in these cells La survivine est une protéine anti-apoptotique appartenant à la famille des IAPs (inhibitors of apoptosis proteins) et régulant la mitose. Grâce à un épissage alternatif, le gène de la survivine génère deux autres formes de la survivine : la survivine 2B et la survivine 3. Selon la littérature, la survivine et ses isoformes seraient fortement exprimées au cours du développement fœtal ainsi que dans les cellules des tissus sains. On a publié que la survivine et ses variantes produisent des antigènes reconnus par des lymphocytes T cytolytiques qui pourraient être utilisés en immunothérapie anti-tumorale.
L’objet de ce mémoire est de mesurer par RT-PDR quantitative le niveau d’expression de la survivine et de ses variants au sein des tissus normaux, des lignées tumorales et des échantillons cliniques de tumeurs pour évaluer les danger d’une immunothérapie dirigée contre les antigènes provenant de la survivine et de ses variants. Les résultats de cette étude montrent un haut niveau d’expression de la survivine et de ses isoformes dans les cellules normales à index mitotique élevé, un niveau d’expression qui est souvent comparable à celui des cellules tumorales.
Une seconde partie du mémoire est consacrée à l’étude de la méthylation du promoteur du gène de la survivine. En effet, l’état de méthylation du gène de la survivine dans les cellules saines et les cellules tumorales est controversé dans la littérature. Pour clarifier l’état de méthylation du promoteur, on a quantifié l’abondance des ARNm de la survivine et de ses isoformes dans des lymphocytes B et T avant et après traitement avec un agent déméthylant, l’azadéoxycytidine. Les résultats obtenus ne nous permettent pas de conclure que le promoteur et méthylé ou pas

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RNA, Messenger --- Methylation --- Cells


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Identification et caractérisation des RNA messagers de la thyroglubuline
Authors: --- ---
Year: 1977 Publisher: Bruxelles: UCL,

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RNA processing. Part B : specific methods
Authors: ---
ISBN: 0121820815 9780121820817 0121820823 9780121820824 Year: 1990 Volume: vol 180 Part 1 Publisher: San Diego, CA ; New York, NY ; Boston, MA : Academic Press,

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Abstract

MicroRNA methods
Authors: ---
ISBN: 9780123739179 0123739179 Year: 2007 Volume: 427 Publisher: Amsterdam : Academic press,

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Les RNA interférents vont-ils révolutionner la pharmacologie ?
Authors: --- ---
Year: 2014 Publisher: Bruxelles: UCL,

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Since the discovery regarding interference phenomenon, 20 years ago, RNA interference became standard method to suppress a gene expression into in vitro tests. Nowadays, the point of interest lies in vivo studies. The RNAi could be used as strong tool in specific therapy going from viral infection to cancer, if only the RNAi would have a proper structure. The main obstacle to RNAi potential therapeutic action is due to a difficulty small interfering RNA (siRNA) at the level of its action in vivo. An effective delivery strategy of siRNA must consider some limitations: (i) poor stability, (ii) undesirable non-specific immune response, (iii) a distribution in non-targeted tissues. The development of such a strategy requires a careful understanding of all the mechanisms of action of RNAi, engineering developed to overcome barriers to the delivery of siRNA, the site of action, and finally a clinical trial. This analysis allows us to offer a perspective on the therapeutic use of siRNA in human.

Negative strand viruses
Author:
ISBN: 0124653014 9780124653016 Year: 1975 Publisher: London

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RNA Biosynthesis
Author:
ISBN: 0412140500 0470125470 9780470125472 Year: 1976 Publisher: London : New York, NY : Chapman & Hall, Halsted Press,

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