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ULiège (8)


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2023 (8)

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Dissertation
Évaluation du couplage aux protéines G du récepteur orphelin GPR27
Authors: --- --- --- ---
Year: 2023 Publisher: Liège Université de Liège (ULiège)

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Abstract

Les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) représentent la plus grande famille de protéines membranaire. Ces récepteurs sont impliqués dans de nombreux processus physio (patho) logiques et se lient à de nombreux ligands de natures différentes. Cependant, il existe à l’heure actuelle de nombreux récepteurs pour lesquelles aucun ligand endogène n’a été identifié, c’est récepteur sont dit « orphelins ». Parmi ces récepteurs, on retrouve le récepteur GPR27 qui appartient à la famille SREB « Super Conserved Receptor Expressed in Brain » qui est fortement exprimée dans le cerveau, mais aussi dans les cellules  du pancréas (îlots de Langerhans). Bien que la fonction exacte de GPR27 n’ait pas encore été définie, il semblerait que celui-ci joue un rôle dans la régulation de la sécrétion de l’insuline. 
À l’heure actuelle, aucun ligand endogène n’a été identifié pour GPR27. Cependant, une découverte fondamentale a été réalisée par le laboratoire de Pharmacologie moléculaire avec la découverte d’un ligand synthétique « 5128535 ». Lors de cette étude, le couplage de GPR27 a été investigué pour différentes protéines G (Gs, Gi et Gq) cependant aucune activité constitutive n’a été détectée ni aucune interaction du récepteur avec les protéines G après stimulation avec le ligand synthétique. Cependant, toutes ses observations ont été obtenues en étudiant GPR27 dans les cellules HEK293, une lignée dans laquelle il n’est pas présent de manière endogène.
Lors de ce travail, nous avons voulu investiguer l’activité de GPR27, mais dans une autre lignée cellulaire, celle des INsulinoma 6 ou « MIN6 » murine. En effet, le récepteur GPR27 jouant peut-être un rôle dans la régulation de la sécrétion d’insuline, il semble intéressant d’étudier son activité dans des cellules pancréatiques. Afin d’étudier l’activité de GRP27 dans les cellules MIN6, nous avons tout d’abord déterminé la présence ou non du récepteur dans notre lignée cellulaire. Ensuite, nous avons étudié l’activité pharmacologique de GPR27 et son couplage aux protéines G grâce au ligand synthétique « 5128535 ».


Book
Biochemistry
Authors: --- --- --- --- --- et al.
ISBN: 9781319498504 9781319333621 9781319498405 Year: 2023 Publisher: Austin : Macmillan Learning,

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Abstract

Biochemistry 10e with Achieve builds on over four decades of exceptional writing, clear graphics, coverage of the latest research technique, and its signature emphasis on physiological and medical relevance with new emphasis on the importance of diversity and team work and a focus on problem-solving techniques and skills. With a new and updated suite of online resources, including hundreds of end-of-chapter problems with answer-specific feedback, activities for in-class and out-of-class, and an emphasis on visualization, Biochemistry with Achieve sets a new standard for biochemistry programs !


Book
How life emerges from inanimate matter  : from atoms to a living individual
Authors: ---
ISBN: 9781527519800 Year: 2023 Publisher: Newcastle upon Tyne : Cambridge Scholars Publishing,

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Abstract

This book describes how the phenomenon of life emerges gradually from the elements of inanimate matter. It shows that, first, this transition occurs in space, when we move from elementary particles and atoms, through molecules and their complexes, cells, tissues and organs to entire individuals. Second, this transition also happened (and is still happening) in time, during biological evolution, when the first living systems originated spontaneously from organic compounds and then evolved step by step through bacteria to plants, animals and us. Third, the embryonic development from a fertilized egg to an adult individual occurs both in space and time. This book is unique as it analyzes all three processes in terms of their physical, chemical, biochemical, thermodynamic, energetic, genetic, cellular, physiological, embryological, evolutionary and cybernetic aspects.


Book
The cell : a molecular approach
Authors: ---
ISBN: 9780197583746 9780197583722 Year: 2023 Publisher: New York, NY Oxford University Press

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Abstract

"Even the most experienced instructor can find teaching cell biology daunting, and most cell biology texts are bogged down in detail or background information. Lost in all the details are the more fascinating material and contemporary advances that represent this rapidly moving field. With so much to cover, creating a classroom around active learning may be difficult or nearly impossible. The Cell: A Molecular Approach, Ninth Edition, endeavors to address those issues with succinct writing, incorporation of current research, a test bank that encourages critical thinking, and an active learning framework. With just enough detail for a one-semester, sophomore/junior level course, the text presents fundamental concepts and current research, including chapters on Genomics and Transcriptional Regulation and Epigenetics, and in-text boxed features on Molecular Medicine, Key Experiments, and Interactive Data Analysis Problems. Finally, for instructors who want to flip their classrooms or just get students more engaged, The Cell, Ninth Edition, is the only cell biology text that is accompanied by an Active Learning Guide. This chapter-by-chapter playbook shows instructors how to create a dynamic learning environment with in-class exercises, clicker questions, and links to relevant media, animations, testing, and self-quizzing, all aligned with the new in-text learning objectives, wherever appropriate. This text provides the right level of detail, student engagement, and instructor support for the modern cell biology classroom"--


Dissertation
Mémoire
Authors: --- --- --- ---
Year: 2023 Publisher: Liège Université de Liège (ULiège)

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Abstract

Le cancer du poumon est la principale cause de mortalité liée au cancer dans le monde. Cette dernière peut être expliquée par l’absence de symptômes et de dépistages systématiques. Pour cette raison, la tumeur est diagnostiquée à un stade avancé et les chances de survie diminuent drastiquement. De plus, les cancers du poumon se divisent en de nombreux sous-types histologiques en fonction de leurs origines et des mutations arborées. Les traitements actuels ne permettent donc pas toujours de prendre en charge correctement les patients.
L’immunothérapie fait partie des champs de recherches en vogue dans la lutte contre le cancer. De nombreuses études se sont déjà penchées sur le rôle des immune checkpoints (ICP) PD-1/PD-L1 et CTLA-4 qui sont des protéines impliquées dans l’évasion immunitaire. Des drogues les ciblant sont déjà sur le marché mais souffrent d’un taux de réponse variable et d’une résistance aux traitements. Ces résistances aux thérapies sont partiellement dues à une compensation par d’autres ICP.
C’est dans ce contexte que deux nouvelles protéines nommées PVR et Nectin-2 ont été identifiées par le laboratoire grâce à la banque de données TCGA. Ces dernières sont des ICP et les cellules tumorales vont les utiliser pour échapper à la surveillance du système immunitaire. En effet, leur surexpression a pu être décrite dans la plupart des cancers dont ceux du poumon et ont pu être corrélées à un mauvais pronostic vital.
Les EVs sont des vésicules sécrétées par la plupart des cellules de notre corps et participent à la communication cellulaire. Grâce à leur bicouche lipidique, leur contenu est protégé du milieu extracellulaire. Elles ont donc été utilisées comme vecteurs thérapeutiques de siARN avec comme objectif d’inhiber l’expression des protéines PVR et Nectin-2 dans des cellules tumorales.
Nous avons élaboré des siARN ciblant PVR et Nectin-2 et analysé l’effet de leur transfection dans des cellules du cancer du poumon. Les effets sur les cellules tumorales ont ensuite été analysés grâce à des tests fonctionnels caractérisant la prolifération, l’adhésion, la survie et la migration cellulaire. Finalement, nous avons produit des exosomes dans lesquels nous avons inclus les siRNA dans le but d’analyser leurs propriétés antitumorales dans les mêmes tests fonctionnels.


Dissertation
Thesis, COLLÉGIALITÉ
Authors: --- --- --- --- --- et al.
Year: 2023 Publisher: Liège Université de Liège (ULiège)

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Abstract

Background: The meniscal tear is one of the most common injuries in the knee joint. In recent years, as more important to the function of the meniscus has been attached, the traditional meniscectomy has been gradually replaced by repair techniques. Regenerative medicine research in meniscus has become the current mainstream trend, but due to the heterogeneity within the meniscus, the natural healing processes are very complicated.&#13;Objective: To describe macroscopical and histological changes of the meniscus at different time points after meniscectomy.&#13;Methods: 6 young sheep and 6 old sheep were enrolled to access the effect of age on the microstructure of the meniscus. 16 sheep performed medial partial meniscectomy and anterior cruciate ligament transection (pMMx+ACLT) surgery and 4 sheep performed SHAM operation were enrolled in the study. The histological staining was visualized using a modified Pauli’s histological tissue quality score system to evaluate histological changes of the left and right medial and lateral meniscus at weeks 4, 6, and 28.&#13;Results: Young sheep had higher cellularity and quality score than old sheep (p<0.01). At weeks 4 and 6, the healed part of the left medial meniscus (LMMx) had a lower score than the remaining part (LMM) and lateral meniscus (p<0.01). At week 28, LMMx had no significant difference compared with LMM.&#13;Conclusion: After the medial partial meniscectomy and anterior cruciate ligament transection surgery, the meniscus will regenerate through fibroblasts and collagen fibers, but it cannot restore to the state before the injury. It will also cause degeneration of the ipsilateral meniscus. The findings will be helpful to meniscal regenerative treatment strategies.


Dissertation
Insights into the regulation and activity of the cryptic lanthipeptide hadrilysin produced by the plant-associated bacteria Bacillus velezensis GA1
Authors: --- --- --- --- --- et al.
Year: 2023 Publisher: Liège Université de Liège (ULiège)

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Abstract

Although the efficiency of chemical pesticides is no longer to be proven, evidence has underlined their non-sustainability. Biocontrol agents (BCAs), including plant growth-promoting rhizobacteria (PGPRs) and their bioactive secondary metabolites (BSMs), are among the most promising alternatives to chemicals for sustainable agriculture. Bacillus velezensis has appeared as a model PGPR for plant protection due to its competence in synthesizing a large spectrum of BSMs. Besides non-ribosomal BSMs (NR-BSMs), ribosomally synthesized and post-translationally modified peptides (RiPPs) are essential for the biocontrol potential of model species such as B. velezensis. However, in contrast to the well-characterized NR-BSMs, efforts are still required to increase our knowledge on RiPPs in terms of diversity, regulation of expression and activity.


Dissertation
Master thesis : Bursting conditions of passive capillary valves and subsequent emptying dynamics in centrifugal microfluidic platforms
Authors: --- --- --- ---
Year: 2023 Publisher: Liège Université de Liège (ULiège)

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Abstract

Fully-automated sample-to-answer biochemical assays are needed in intensive care units, e.g., for the real-time monitoring of antibiotic concentration in blood samples from patients whose physiological state may quickly vary. The Lab-on-Disk developed in the Medicare project offers a promising integrated solution to this request. A Lab-on-Disk is a centrifugal microfluidic platform that consists in a rotating disk that contains microchambers and microchannels. The liquids flow therein thanks to centrifugal forces and can be mixed together to perform the assays. For the robustness of the assays, liquids have to be regulated by valves. In particular, the passive capillary valve is the simplest to implement as it only consists in an abrupt enlargement of the channel geometry.&#13;&#13;This master's thesis aims at identifying the bursting conditions of a given valve and at characterizing the emptying dynamics of the reservoir upstream once the valve opens. Thanks to a first set of experiments, which consisted in performing a ramp on the angular frequency, we could identify the bursting pressure of a given valve. In a second set, we performed a pulse on the frequency to trigger the valve, followed by a steady frequency plateau during which the reservoir chamber emptied. The properties of the fluid interfaces were measured by computer vision. High-resolution videos of the experiments were processed by the Medicare HUB software developed as part of the master's thesis.&#13;&#13;Considering the bursting conditions, the Laplace pressure of the interface in the reservoir chamber is shown to add a significant contribution to the pressure balance. The bursting pressures can be expressed as a Laplace law that involves a geometrical parameter independent of the angular acceleration in the range [0, 1000 RPM]. The main source of uncertainty is identified as the time discretization due to the video recording. Then, considering the emptying dynamics, the flow in the waste chamber is characterized by a Bond number greater than or close to unity. Five emptying scenarios are characterized on the basis of the outlet jet behaviour and a phase diagram is presented to discriminate between them. Lastly, an analytical model is presented to reproduce the experimental observations and its limitation are discussed thanks to the phase diagram.

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