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MicroRNAs (miRNAs) are classes of small RNAs that modulate gene expression. Through recognition of sequence complementary target elements found in the 3’UTR of cellular mRNAs, miRNAs induce mRNA translation inhibition or catalytic mRNA degradation. In plants and insects, miRNAs can also play a role in antiviral immunity through recognition of viral mRNA or viral genomic RNA. Nevertheless, many plant and insect viruses inhibit miRNAs activity by expressing anti-silencer proteins. For example, TBSV, a Tombusvirus infecting tomato plants, expresses a protein called p19 that binds miRNAs and thus prevents target recognition. The insect virus flock house virus (FHV) expresses a protein called b2 that binds miRNAs and their precursors.
The aim of this present work was to study the effect of cellular miRNAs on Theiler’s virus replication, and to analyse whether the virus can interfere with cellular miRNAs activity.
We designed a vector allowing to test viral or cellular anti-silencer protein activity. For this purpose, we constructed a lentiviral vector carrying one of four let-7a miRNA target sequences in the 3’ non-coding region of the Renilla luciferase gene. This tool seems functional although it has to be validated definitively. Using these constructs, we failed to observe anti-silencer activity of TBSV p19 protein, in contrast to other studies that reported the activity of this protein in mammalian cells. Similarly, the flock house virus b2 protein showed only low activity which seems to be partly independent on its effect on the microRNA tested.
Next, we evaluated the impact on viral replication, of the presence of a microRNA target sequence introduced in the coding region of Theiler’s virus genome. We detected a moderate effect of microRNA on viral replication. Consistent with this observation, a theoretical analysis of the virus sequence suggests a low selection pressure toward the elimination of miRNAs target sequences in the main ORF of the viral genome. This is in contrast with other studies that observed a significant effect of microRNAs on the non-coding regions of other Picornaviruses Les microRNA (miRNA) cellulaires sont des petites molécules d’ARN dont la fonction est de réguler l’expression des gènes cellulaires. En s’hybridant par complémentarité de séquence à l’extrémité 3’UTR des ARN messager, ils peuvent induire, soit l’inhibition de la traduction de ces ARNm, soit leur dégradation. Chez les plantes et insectes, les miRNA peuvent également être impliqués dans l’immunité antivirale en s’hybridant à l’ARNm ou à l’ARN génomique d’un virus. Cependant, la plupart des virus cibles de ces miRNA cellulaires inhibent l’activité des miRNA en codant des protéines « suppresseur » des miRNA. Par exemple, le Tombusvirus TBSV, infectant les plantes de tomates, exprime une protéine appelée p19 qui lie les miRNA et les empêche de s’hybrider à leur séquence cible. De même, le Flock house virus (FHV) infectant les insectes encode une protéine appelée B2 qui séquestre les miRNA et leurs précurseurs.
L’objectif de ce mémoire était d’une part, d’étudier l’effet des miRNA endogènes sur la réplication du virus de Theiler, et d’autre part, d’analyser dans quelle mesure le virus peut interférer avec l’activité des miRNA cellulaires.
Nous avons construit un vecteur permettant de tester l’activité de protéines (virales ou cellulaires) antagonistes de la voie miRNA (activté « anti-silencer »). Pour cela, la séquence codant la luciférase de Renilla a été insérée dans un vecteur lentiviral avec, dans sa région 3‘ non-codante, la séquence cible du miRNA endogène let-7a. Cet outil semble fonctionnel bien qu’il doive encore être validé de manière définitive. A l’aide de ce vecteur, nous n’avons observé aucune activité anti-silencer de la protéine p19 du TBSV, alors que l’activité de cette protéine avait été montrée dans les cellules de mammifères. La protéine b2 du flock house virus n’a aussi montré qu’une relativement faible activité, partiellement indépendante de son effet sur le microRNA testé.
Par ailleurs, nous avons évalué l’incidence de la présence de la séquence cible d’un microRNA dans la région codante du génome du virus de Theiler. Nous avons détecté un effet modéré du microRNA sur la réplication virale. En accord avec cette observation, une analyse théorique de la séquence du virus suggère une faible pression de sélection en vue de l’élimination des séquences cibles des miRNA dans l’ORF principale du génome viral. Ceci contraste avec les effets importants, observés par d’autres études, des microRNA sur les régions non-codantes d’autres picornavirus

MicroRNAs --- Theilovirus --- Virus Replication --- Viral Proteins --- Picornaviridae

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Virus Replication --- RNA, Messenger --- RNA, Viral --- Coronaviridae --- genetics --- genetics --- genetics

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Molecular biology --- Viruses --- DNA Replication --- DNA, Viral --- Genes, Viral --- RNA, Viral --- Virus Replication --- Reproduction --- Congresses. --- congresses. --- Dna replication --- Dna, viral --- Genes, viral --- Rna, viral --- Virus replication --- Reproduction (Biology)